绿藻病：食用菌菌袋被绿藻侵染后，菌袋变成绿色，将影响出菇。有的在子实体上也有绿藻生长，有的在子实体上也有绿藻生长，使子实体变为绿色，从而降低商品价值。发生条件绿藻生活在稻田中，通过水来传播，在夏季发生危害。防治方法(1)培养料配制和出菇期间的用水，禁止使用稻田和池塘中污水，应使用清洁的井水或自来水。(2)在田间栽培时，要防止出菇场地内流进稻田水，以免菌床和菌袋被稻田水淹没感染绿藻。(3)夏季栽培时，加强通风换气，进行干湿交替地管理，恶化绿藻生长的环境。袋(4)出现绿藻侵染后，及时将被感染的菌袋隔离，防止再传染其他菌袋
鬼伞：是草菇、蘑菇栽培中常见杂菌，也有在菌袋中发生。常见的鬼伞有长根鬼伞、粪鬼伞等。鬼伞生长繁殖快，当天长出的子实体即可成熟，菌盖自溶成墨汁状液体，通过孢子液传播。感染鬼伞后，鬼伞与食用菌竞争营养，抑制食用菌生长，造成减产。发生条件培养料灭菌不彻底，或堆制时的温度不高，未杀灭料中鬼伞菌孢子，以及培养料中pH偏低，含有游离铵时极易发生。在高温高湿时危害防治方法(1)堆制发酵时，料内温度要达到65℃以上，并充分翻堆，利用高温杀灭料中鬼伞菌孢子；熟料栽培时，培养料灭菌要彻底。(2)栽培草菇的培养料的pH要达到9以上，在料中拌入5%石灰或用石灰水浸泡处理原料。(3)利用发酵料或生料栽培的，培养料中有氨味时，需在料中喷洒1%过磷酸钙液消除氨后使用，否则会长出鬼伞。(4)出现鬼伞后，在幼菇期就要及时拔除，防止菌盖自溶后，孢子液流入培养料中传播：菌袋中长出鬼伞后，及时倒出培养料晒干，或拌入新鲜培养料再利用。
粘菌病：食用菌菌袋内出现粘菌感染后，菌种不能萌发生长，并且种块上菌丝消失，培养料变湿，松散解体。子实体上感染粘菌后，轻则菇体变软发黃，局部腐烂，失去商品价值；重则使菇体呈黏液状腐烂。发生条件粘菌广泛分布在阴湿环境中的枯草、落叶、朽木及肥沃土中。喜在酸性、高温(20~30℃)高湿(85%~%)环境下生长。通过水、昆虫和气流传染。防治方法(1)培养料要求干燥、新鲜，不能使用腐朽受潮的原料：配料用水要清洁(2)培养场地，要求干燥，通风良好，防止出现高温高湿环境。(3)出菇期间，保湿用水要用清洁的水：并且要干湿交替地管理，防止长期处于高湿状态。(4)出现粘菌感染后，感染严重的，要及时烧毁或深埋：感染较轻的，喷洒0.1%的高锰酸钾或0.1%克霉灵进行处理；子实体被粘菌感染后，及时摘除，然后停止喷水，加大通风量，降低湿度，再喷洒0、%的高锰酸钾液或0.1%克霉灵来杀菌。
盘菌类：利用生料和发酵料栽培食用菌时，常常发生盘菌类杂菌危害。常见的有疣孢褐地碗菌，泡质盘菌和粪缘刺盘菌等。菌床上感染盘菌后，与食用菌竞争营养，抑制食用菌菌丝生长，造成减产。在蘑菇，姬松茸和羊肚菌栽培中，常常出现盘菌类危害。发生条件盘菌类平时生长在土壤和有机物上，是一种腐生菌，通过培养料和土壤传染，在有机质丰富，湿度大，中温至高温时发生。防治方法(1)培养料经过高温堆制和二次发酵杀灭料中盘菌孢子，清除病原菌(2)生料栽培时，在料中拌入0.1%的50%多菌灵可抑制该菌发生。(3)覆土栽培时，覆盖用土应取地表以下含有机质少的土壤，防止土壤带菌传染。(4)出现盘菌杂菌后，及时摘除子实体，将其烧毁或深埋，然后在患病处喷灌0.1%的50%多菌灵液可抑制该类杂菌生长。
细菌：细菌是食用菌生产中常见杂菌，在菌种分离和扩大繁殖过程中常因细菌污染面报废。多在斜面母种中造成危害。在原料和栽培种中，虽有细菌存在，但生长，一般不造成危害。细菌为白色黏稠状，感染后抑制食用菌菌丝生长细菌广泛存在于自然中，无处不有。细菌芽孢极耐高温，在高温高生长条件湿下易发生。(1)培养基灭菌要彻底，母种培养基要在高压下才能杀灭培养基中细菌防治方法(2)组织分离菌种时，要选用新鲜自然水分的菇体，菇体内侵入水后极易长出细菌，造成菌种分离失(3)原种和栽培种的培养料，配制好后要及时装瓶或袋灭菌，不宜堆放时间过久，否则细菌大量繁殖，料变酸变质，还不易灭菌彻底(4)菌种的菌龄不宜过长，因随若菌龄的增加，细菌繁殖就越多，接种后就会造成危害(5)为了纯化被细菌污染的菌种，可养基中加入抗生素物质如链霉素，庆大霉素等，抑制细菌生长。
酵母菌：酵母菌是制种和菌袋生产中杂菌。培养基中感染酵母菌后，抑制食用菌菌丝生长，产生酒酸气味，使培养料发粘变质。酵母菌菌落为黏液团状，有乳白色、红色等。生长条件酵母菌在自然界中分布广泛，无处不有。在气温较高，通风不良，潮湿时易发生。菌袋袋口密封过严，不透气时极易出现酵母菌污染。防治方法(1)配制培养料时，要用清洁井水或自来水，不能使用污水。配制好的培养料要及时装瓶或装袋灭菌，防止堆放时间过长后，引起酵母菌繁殖(2)菌袋封口不要过严，一点都不透气，否则极易引起酵母菌生长，抑制食用菌菌丝生长。(3)在培养料中拌入0.1%的50%多菌灵(木耳、猴头菌中禁用),可抑制酵母菌生长。(4)出现酵母菌感染后，及时清除烧毁或掩埋，或者倒出培养料，少量地加入新鲜培养料中再利用。
放线菌：放线菌是菌种生产中杂菌，菌种中感染放线菌后，抑制食用菌菌丝生长，并散发出土霉臭味。在菌种瓶或菌袋中，感染放线菌后出现白色粉状斑点生长条件放线菌在自然界中分布广泛，主要分布在土壤中，其中以中性、碱性并含有机物多的土壤中最多。有的放线菌耐高温，在45-57C下生长旺盛。防治方法(1)培养料灭菌要彻底。夏季要防止棉塞受潮后感染放线菌，并且棉塞不要太松。(2)接种时认真做好灭菌工作，严格无菌操作，防止接种时污染。(3)利用发酵料直接装袋栽培时，袋口不要封严不透气，最好在袋身上刺微孔透气，培养时的温度不要超过30℃,在较低温度下培养为宜。(4)出现放线菌污染的菌种，要经高温杀灭后弃掉，防止扩散传染。
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